Sau khi Hiển Tông mất, đúng lúc Tây Sơn rút về nam, cháu vua là Duy Kỳ (con Duy Vĩ) lên thay, tức là vua Chiêu Thống. Được tác động của anh em Tây Sơn, vua Lê muốn khôi phục lại địa vị cũ, báo thù cho cha, nên khi họ Trịnh ngóc đầu trở lại, lập tức Chiêu Thống gọi tướng giỏi nhất Bắc Hà lúc đó là Nguyễn Hữu Chỉnh ở Nghệ An ra cứu. Chỉnh đánh tan quân Trịnh, đuổi Trịnh Bồng đi mất tích. Nhưng sau đó vua Lê lại bị Chỉnh lộng quyền. Tây Sơn kéo ra giết Chỉnh, rồi tướng Tây Sơn là Vũ Văn Nhậm cũng mưu đồ cát cứ. Chiêu Thống phải bỏ đi lưu vong.

Bản ý của Nguyễn Huệ vẫn muốn tôn phò nhà Lê, nhưng Chiêu Thống lại không muốn sống chung với Tây Sơn nên sang cầu viện nhà Thanh (1788). Nhà Thanh phát binh đánh Đại Việt. Trước tình thế đó, Nguyễn Huệ lên ngôi hoàng đế, tức là vua Quang Trung mang quân đánh tan quân Thanh (1789), Chiêu Thống bỏ chạy theo về Trung Quốc.

Dù sau đó Lê Duy Kỳ cố xin viện binh lần nữa nhưng bằng chính sách ngoại giao khéo léo, nhà Tây Sơn đã tránh được cuộc đụng đầu khác với nhà Thanh. Vua Thanh không phát binh nữa, phân tán các bầy tôi nhà Lê, tách khỏi Duy Kỳ để cô lập dần. Duy Kỳ uất hận chết ở Bắc Kinh năm 1793 lúc mới 28 tuổi.

Nhà Hậu Lê chính thức mất năm 1789, trước sau tồn tại 356 năm, chỉ có 6 năm gián đoạn, là triều đại quân chủ dài nhất trong lịch sử Việt Nam.